Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC9P31274 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC9P31274 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC9P31274 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC9P31274 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC9P31274 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC9P31274 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC9P31274 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC9P31274 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC9P31274 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC9P31274 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 PRPSAP2-216ENST00000536323 1872 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 BNIP3P42-201ENST00000454982 569 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 BNIP3P29-201ENST00000598302 571 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 AC011447.5-201ENST00000616168 564 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC9P31274 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC9P31274 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC21.27■■□□□ 1
HOXC9P31274 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC9P31274 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC9P31274 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC9P31274 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC9P31274 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC9P31274 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC9P31274 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC9P31274 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC9P31274 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC9P31274 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC21.27■■□□□ 1
HOXC9P31274 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms