Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PLA2G5-201ENST00000375108 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 HLA-DPB2-205ENST00000435074 1188 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MCHR2-202ENST00000369212 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.7 ms