Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 LINC00351-201ENST00000424926 911 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SOX4Q06945 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms