Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 KC6-205ENST00000599934 556 ntTSL 4 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CALR4P-201ENST00000431943 946 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AC128709.2-201ENST00000438408 558 ntTSL 4 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AL583835.2-202ENST00000421363 1104 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CCDC153-204ENST00000503566 1295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PAFAH1B3-202ENST00000538771 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
CUX1P39880 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 AP4M1-201ENST00000359593 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 HLA-DPB2-205ENST00000435074 1188 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 BTNL8-205ENST00000505126 1294 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 AC090502.1-204ENST00000551210 469 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 AL008638.5-201ENST00000623814 1298 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
CUX1P39880 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 HARS-202ENST00000415192 1401 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 PRDX5-203ENST00000352435 596 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 AC011365.2-201ENST00000520041 810 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 ERH-203ENST00000557016 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CUX1P39880 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CUX1P39880 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CUX1P39880 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CUX1P39880 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CUX1P39880 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CUX1P39880 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CUX1P39880 C3orf22-201ENST00000318225 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CUX1P39880 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
CUX1P39880 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CUX1P39880 MIR22HG-212ENST00000577164 931 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CUX1P39880 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CUX1P39880 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CUX1P39880 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms