Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HPS3Q969F9 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.1 ms