Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AC239798.4-201ENST00000609879 700 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP39Q53GS9 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms