Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 CALR4P-201ENST00000431943 946 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 RPARP-AS1-201ENST00000473970 1297 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 SELENOW-201ENST00000509570 881 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AP003096.1-203ENST00000564469 563 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 FBXL12-211ENST00000591009 1005 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC091271.1-201ENST00000611877 1162 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 HMBS-216ENST00000543090 1347 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 COX6A2-201ENST00000287490 440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 HIST1H2AJ-201ENST00000333151 387 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PPP1R14B-202ENST00000392210 600 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 Z98752.1-201ENST00000442482 518 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 YIF1A-210ENST00000496746 667 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 Z84485.1-202ENST00000499560 1230 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AL118558.3-201ENST00000607414 1079 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 EIF4EBP3-201ENST00000310331 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AL138767.1-201ENST00000354527 744 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 SLC25A24P2-201ENST00000415059 510 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC006003.1-201ENST00000448541 613 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC126768.2-201ENST00000511693 718 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
COL6A1P12109 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms