Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 CSNK1A1L-201ENST00000379800 2406 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 RHCE-206ENST00000413854 1198 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 C19orf24-202ENST00000469144 668 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 ANKRD19P-201ENST00000338192 862 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SLC35A1-202ENST00000369556 1720 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 NME6-203ENST00000415644 849 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms