Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 LINC01939-201ENST00000445279 694 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 RPS24-203ENST00000435275 656 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 H2AFV-206ENST00000437072 589 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC233724.13-201ENST00000598383 410 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 RPS24-214ENST00000613865 538 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AP000345.1-201ENST00000454863 569 ntTSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.2 ms