Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SDC1P18827 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SDC1P18827 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SDC1P18827 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms