Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TEX264-205ENST00000416589 1313 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 PSMC3-212ENST00000602866 1373 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 HMBS-216ENST00000543090 1347 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AL138767.1-201ENST00000354527 744 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 VAMP1-203ENST00000400911 1068 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 DERL2-202ENST00000570848 657 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 LCE1E-202ENST00000368771 575 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R14B-202ENST00000392210 600 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ZNF767P-206ENST00000513792 565 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 IKZF1-217ENST00000612658 962 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.8 ms