Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 DVL1-202ENST00000378891 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.62
VPS54Q9P1Q0 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms