Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 PPL-205ENST00000590782 5845 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 ATG2A-201ENST00000377264 6357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 MBOAT2-201ENST00000305997 7751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 PAK2-201ENST00000327134 6139 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 NBEA-203ENST00000379939 10738 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
KLHL28Q9NXS3 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms