Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 GFRA2-208ENST00000524240 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 RCOR1-201ENST00000262241 5754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms