Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 FCGR1B-203ENST00000369384 1044 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 LINC01248-201ENST00000458264 468 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 BTNL8-205ENST00000505126 1294 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP423-201ENST00000517127 109 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 ERH-203ENST00000557016 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC9Q9Y3X0 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.7 ms