Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 BNIP3P42-201ENST00000454982 569 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 BNIP3P29-201ENST00000598302 571 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AC011447.5-201ENST00000616168 564 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2AD-201ENST00000341023 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 CROCCP4-201ENST00000457096 498 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AC104989.1-201ENST00000519711 778 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 XRCC3-210ENST00000554974 575 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC118344.1-201ENST00000378432 1462 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 ANKRD19P-201ENST00000338192 862 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.9 ms