Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

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Length 385 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SMARCB1Q12824 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms