Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 IGLV2-23-201ENST00000390306 502 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ZNF767P-206ENST00000513792 565 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 KCNAB2-212ENST00000458166 1336 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 297.7 ms