Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PCK2-203ENST00000545054 2505 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SLCO5A1-201ENST00000260126 9076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SYT17-201ENST00000355377 3081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 RGPD6-202ENST00000330331 2848 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 RGPD8-202ENST00000330575 2848 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 RRM1-214ENST00000534285 2075 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MAP4K1-210ENST00000591517 2700 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28BQ9BUN5 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 PRKD2-201ENST00000291281 3070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 KIAA1191-201ENST00000298569 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28BQ9BUN5 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.6 ms