Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 GLYCTK-203ENST00000461183 889 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CUX1P39880 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AL139099.5-201ENST00000635274 300 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CUX1P39880 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CUX1P39880 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 LINC02028-216ENST00000609015 732 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
CUX1P39880 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC126768.2-201ENST00000511693 718 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CUX1P39880 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CUX1P39880 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.7 ms