Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
DKK3Q9UBP4 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms