Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS54Q9P1Q0 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC18.97■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms