Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC087499.6-201ENST00000411576 835 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC20.27■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM28Q13263 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
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