Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 IFNL2-201ENST00000331982 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC007952.1-202ENST00000399083 1173 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC092506.1-202ENST00000401022 528 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ROPN1-202ENST00000405845 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC106017.2-201ENST00000631194 1173 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MEIKIN-203ENST00000442687 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ELK2AP-201ENST00000392510 1007 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 LLPH-AS1-201ENST00000510317 623 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.1 ms