Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC243960.2-201ENST00000600996 747 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RETN-203ENST00000629642 400 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 CSHL1-203ENST00000346606 659 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LINC01248-201ENST00000458264 468 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AL133523.1-201ENST00000554537 331 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RHD-204ENST00000417538 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ZNF767P-206ENST00000513792 565 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 PSMC3-212ENST00000602866 1373 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPHP3Q7Z494 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms