Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
CHD3Q12873 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
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