Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
MSX1P28360 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
MSX1P28360 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms