Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ZNF30-202ENST00000439785 2651 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD4P09016 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms