Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CLN3Q13286 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
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