Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 DCD-201ENST00000293371 645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
MSX1P28360 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.02
MSX1P28360 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
MSX1P28360 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.7 ms