Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXC4P09017 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXC4P09017 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.5 ms