Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.2 ms