Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP3Q9Y6I4 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP3Q9Y6I4 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms