Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCAL1Q9NZC9 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms