Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZ43

USE1, Vesicle transport protein USE1, humanhuman

Predictions only

Length 259 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USE1Q9NZ43 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USE1Q9NZ43 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USE1Q9NZ43 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.2 ms