Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL6A1P12109 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL6A1P12109 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms