Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SDCBPO00560 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SDCBPO00560 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SDCBPO00560 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SDCBPO00560 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SDCBPO00560 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SDCBPO00560 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SDCBPO00560 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SDCBPO00560 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms