Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC87Q9NVE4 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms