Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 IL12RB2-206ENST00000544434 3782 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 TAOK3-201ENST00000392533 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 MROH6-201ENST00000398882 3469 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 C1R-202ENST00000536053 2347 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC112Q8NEF3 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms