Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms