Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ELFN2-207ENST00000613079 8360 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
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CHD3Q12873 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
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