Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 ASCC3-207ENST00000522650 2828 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 SYBU-207ENST00000433638 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 EPHX2-207ENST00000521400 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 SLC34A1-201ENST00000324417 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 MAP7D1-204ENST00000373151 3324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 HIPK4-201ENST00000291823 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 MAP7D1-203ENST00000373150 3238 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CLIP3Q96DZ5 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms