Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 IGLV2-23-201ENST00000390306 502 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 GPR182-203ENST00000622922 591 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RPS24-203ENST00000435275 656 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AP000345.1-201ENST00000454863 569 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RPS24-214ENST00000613865 538 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms