Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SDC1P18827 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SDC1P18827 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SDC1P18827 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
SDC1P18827 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms