Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms