Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC118344.1-201ENST00000378432 1462 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC104989.1-201ENST00000519711 778 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 PRPSAP2-216ENST00000536323 1872 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms