Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.95
CHMP3Q9Y3E7 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.4 ms