Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

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Length 886 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
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VPS39Q96JC1 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
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VPS39Q96JC1 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
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VPS39Q96JC1 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
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VPS39Q96JC1 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
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VPS39Q96JC1 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
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VPS39Q96JC1 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
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VPS39Q96JC1 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
VPS39Q96JC1 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
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