Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.2 ms