Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms